Pegando o gancho do último capítulo da 1ª temporada, o 2º ano de Smallville mostra todo o desfecho e as conseqüências causadas pelo tornado. Clark, de uma forma inacreditável, digna de um super herói, consegue salvar Lana, a tirando do tornado, com a ajuda de sua nave espacial, que sai para protegê-lo.
Lex também salva seu pai, mas ele acaba ficando cego.
Um retorno inesperado nesta temporada. Tina Greer, a metamórfica obsecada por Lana volta a Smallville na aparência de Whitney. Após Clark derrotá-la mais uma vez, Lana descobre que Whitney estava morto.
A relação de Clark e Lana se aprofunda ainda mais, após a morte de Withiney. Clark adquire uma nova habilidade: visão de calor, e se depara com um novo tipo de Kryptonita, a vermelha, que o afeta psicologicamente.
Ele conta seu segredo à Pete e começa a encontrar vestígios sobre sua misteriosa origem, ao conhecer o Dr. Virgil Swan, e à, finalmente, ter seu primeiro contato com o espírito de Jor-El, seu pai biológico.
Martha descobre estar grávida. Clark e Lana começam a namorar, o que causa a inimizade de Chloe, que promete a Lionel um dossiê sobre a história de Clark.
Clark se revolta contra Jor-El, que revela a ele que terá que deixar Smallville para cumprir seu destino. Num ato de rebeldia, ele destrói sua nave espacial, sem pensar nas conseqüências: Martha perde seu bebê.
Revoltado com tudo e com todos, Clark, usando um anel de Kryptonita vermelha, se exila em Metropolis, deixando Lana e sua família.
Lex, que pareceu ter encontrado a mulher de sua vida, é enganado por ela após o casamento, e fica preso em um avião sem piloto, que cai no mar.
Lex também salva seu pai, mas ele acaba ficando cego.
Um retorno inesperado nesta temporada. Tina Greer, a metamórfica obsecada por Lana volta a Smallville na aparência de Whitney. Após Clark derrotá-la mais uma vez, Lana descobre que Whitney estava morto.
A relação de Clark e Lana se aprofunda ainda mais, após a morte de Withiney. Clark adquire uma nova habilidade: visão de calor, e se depara com um novo tipo de Kryptonita, a vermelha, que o afeta psicologicamente.
Ele conta seu segredo à Pete e começa a encontrar vestígios sobre sua misteriosa origem, ao conhecer o Dr. Virgil Swan, e à, finalmente, ter seu primeiro contato com o espírito de Jor-El, seu pai biológico.
Martha descobre estar grávida. Clark e Lana começam a namorar, o que causa a inimizade de Chloe, que promete a Lionel um dossiê sobre a história de Clark.
Clark se revolta contra Jor-El, que revela a ele que terá que deixar Smallville para cumprir seu destino. Num ato de rebeldia, ele destrói sua nave espacial, sem pensar nas conseqüências: Martha perde seu bebê.
Revoltado com tudo e com todos, Clark, usando um anel de Kryptonita vermelha, se exila em Metropolis, deixando Lana e sua família.
Lex, que pareceu ter encontrado a mulher de sua vida, é enganado por ela após o casamento, e fica preso em um avião sem piloto, que cai no mar.